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本所（合志）
異業種連携研究チーム食品メーカーや地元企業などの異なる分野・業種との連携を通じて、地域を担う経営や産地を育つための条件を明らかにし、地域農業の発展方策を解明します。
バイオマス・資源作物開発チーム不良な気象・土壌環境下での農業発展のため、収穫期間拡張に向けたさとうきび新産業創出に繋がる多収性さとうきび、飼料作物、そば・雑穀等の資源作物生産技術を開発します。
イネ発酵TMR研究チーム飼料イネWCSの安定生産技術と焼酎粕濃縮液を活用した発酵TMR（混合飼料）の調製技術、乳牛・肉牛への給与技術を確立し、TMRセンターを核とする地域利用システムを構築します。
周年放牧研究チーム濃厚飼料給与料の大幅低減化による飼料自給率の向上を図るため、九州の温暖な気候と豊富な草資源を利用した周年放牧による肉牛の繁殖・肥育一貫生産システムを開発します。
難防除害虫研究チーム長距離移動性イネウンカ類、温暖化に伴う新害虫フタテンチビヨコバイ、また、有害線虫類等の難防除害虫の生理生態的特性を解明し、これに基づいて総合的管理技術を開発します。
土壌環境指標研究チーム有機質資材の合理的な施用技術開発のため、土壌生物性、土壌物理性、土壌化学性、重金属に関わる土壌環境指標を策定し、アンモニア付加等の機能性堆肥の施肥技術を開発します。
暖地温暖化研究チーム暖地、温暖地における気候温暖化等環境変動に対応した稲等の作物産及び牛、豚等の家畜生産に関わる管理技術を開発します。
機能性利用研究チーム国民への健全な食生活の提供、地域の食品産業と農業の振興に向け、地域の重要作物の改良、新規食品・調理品の開発、機能性評価と体内での機能性発現の解明を進めます。
赤かび病研究チーム赤かび病菌の生態、麦類の毒素蓄積プロセス、防除薬剤の特性を解明し、これに基づいて麦類のかび毒汚染低減のための生産管理技術を開発します。また、高度な赤かび病抵抗性系統を開発します。
大豆育種研究九州サブチーム豆腐加工適性に優れた機械化適性品種、地域特産などで活用できる有色大豆や納豆用大豆品種、および、DNAマーカーによるハスモンヨトウ抵抗性品種などを開発します。
牧草・飼料作物育種ユニット暖地の周年高位生産性を向上させ、自給飼料生産基盤を強化するため、イタリアンライグラス、ソルガム等を対象として、多収性、耐病性に優れる高品質品種を開発します。
ソバ育種ユニットソバは伝統的な日本の食材ですが、最近機能性食材としても注目されています。当ユニットでは西日本向けのソバ品種を開発します。
分析・モニタリング室研究チームや外部からの依頼分析、オープンラボの運営管理、分析技術指導の業務のほか、分析法の開発・高度化およびモニタリングに係る研究業務を行います。
業務第１科　

筑後研究拠点
九州水田輪作研究チーム九州水田輪作研究チームでは33万haの水田に作付されている20万haの水稲、5.4万haの麦類、2.4万haの大豆を対象とした水田輪作に関する研究を行います。
低コスト稲育種研究九州サブチーム九州の普通期作向きの低コスト直播用品種、転作向き飼料用品種、加工・業務用新形質品種の品種育成を行うとともに、ツマグロヨコバイ等の耐病虫性育種素材を開発します。
小麦・大麦育種ユニット暖地向けの小麦(めん、ぱん用)と大麦（食用、焼酎醸造用）の品種育成と赤かび病等の病害耐性に関する研究を行います。
業務第２科　

都城研究拠点
九州畑輪作研究チーム九州の畑地を高度に利用した大規模経営体に適応できる持続的畑輪作体系の確立を目指して、線虫対抗植物等の生物機能を有効利用やサツマイモ苗の大量生産システム等を開発します。
サツマイモ育種研究チーム九州や関東の基幹畑作物であるサツマイモの需要拡大を図るため、食味や加工適性に優れた品種を育成するとともに、線虫抵抗性系統を選抜するためのDNAマーカーや新規有用形質を持つ育種素材を開発します。
九州バイオマス利用研究チーム暖地における畑作物副産物や加工残さの機能性評価に基づく新用途を開発しています。また、地域バイオマスのカスケード利用技術を開発し、経済的・環境的評価に基づく地域バイオマスの循環システムを提案します。
トウモロコシ育種ユニット収量と栄養価が高い暖地向けの飼料用トウモロコシ品種を育成するとともに、アントシアニンの含有量が多く、新しい利用法が可能な紫トウモロコシ系統を開発します。
業務第３科　

久留米研究拠点
イチゴ周年生産研究チームイチゴの大規模周年生産システムの確立を目指し、高品質・複合病害抵抗性品種、クラウン部局部制御等の栽培管理技術、天敵利用等による病害虫総合防除体系等を開発します。
暖地施設野菜花き研究チームアスパラガス・トマト・トルコギキョウ・ツツジ等の重要な野菜・花きについて、ビニルハウス等簡易な施設を利用した高付加価値で収益性の高い新たな生産技術を開発します。
イチゴ育種ユニット全国のイチゴ育種センターとして、高品質（食味・流通適正・健康機能性）、複合病害抵抗性（炭そ病、うどんこ病等）及び四季成り性等を有する先導的な品種を開発します。
花き育種ユニットツツジやトルコギキョウ等地域における重要な花き類について、新規花色、高温乾燥耐性、高温ロゼッタ耐性等を有し、新たな作型開発や需要創出を先導する品種を開発します。
業務第２科（久留米）　

種子島試験地
さとうきび育種ユニット南西諸島におけるサトウキビの持続的な低コスト生産を実現するために、収穫時期の拡張を可能とする極早期高糖製品種や、バイオマス原料、家畜飼料としての利用に適した品種などを開発します。
業務第３科(種子島)　

沖縄試験地
南西諸島農業研究チーム野菜やサトウキビの安定生産を図るために、畑地の土づくり、土壌流出防止、作物の栽培や新規導入に関わる技術の開発・実証、経営モデル、連携システムの策定・提示を行います。

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